もやしの表示も通常の野菜と同様（名称・原産地）ですが、大豆を使用している場合は遺伝子組み換えの表示が必要になります。
　もやし生産業は平成１４年から総務省の定めた「日本標準産業分類」で、「製造業／食品製造業／もやし製造業」から「農業／野菜作農業／もやし栽培農業」と変わりました。表示においても加工食品から農産物（生鮮野菜）となり、基準が変わりました。